의료재단법인의 출연자를 국세기본법 제39조에서 규정하고 있는 출자자의 제2차 납세의무자로 지정할 수 있는지 여부

의료재단법인의 대표자가 과점주주로서 발행주식총수의 51% 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자 등에 해당되지 아니하는 경우는 제2차 납세의무를 지정할 수 없음

○ 납세자 A는 국세를 체납하고 있는 의료법인 ○○의료재단의 지분 100%를 국세청 전산망상 소유하고 있는 출연자임

-처분청은 ○○의료재단의 ’14년 귀속 증여세 및 ’19년 귀속 종합부동산세를 징수할 수 없다고 보고, 납세자 A를 ○○의료재단의 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지하였고 납세자는 이에 이의신청을 제기함

2.신청내용

○의료재단법인의 출연자를 국세기본법 제39조에서 규정하고 있는 출자자의 제2차 납세의무자로 지정할 수 있는지 여부

3.관련규정

□국세기본법 제39조【출자자의 제2차 납세의무】

법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1.무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

• 가. 합명회사의 사원

• 나. 합자회사의 무한책임사원

2.주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

• 가. 합자회사의 유한책임사원

• 나. 유한책임회사의 사원

• 다. 유한회사의 사원

□의료법 제50조【민법의 준용】

의료법인에 대하여 이 법에 규정된 것 외에는민법중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.

□민법 제43조【재단법인의 정관】

재단법인의 설립자는 일정한 재산을 출연하고 제40조제1호 내지 제5호의 사항을 기재한 정관을 작성하여 기명날인하여야 한다.

□민법 제48조【출연재산의 귀속시기】

① 생전처분으로 재단법인을 설립하는 때에는 출연재산은 법인이 성립된 때로부터 법인의 재산이 된다.(이하생략…)

4.관련사례

○대법원2018두36110, 2019.5.16.

○대법원2019두60226, 2022.5.26.

○대법원93누19146, 1994.8.26.

○수원지방법원2010구합15750, 2011.5.18.

○질의회신 서면인터넷방문상담1팀-212, 2005.2.17.

[사실관계]질의자는 ’94.6.10. 보건복지부로부터 의료법 제41조 규정에 의한 의료법인으로 재단설립된 단체의 대표자이면서 이사장이며, 당초 의료재단 설립시에 출연된 자산은 개인 소유였던 재산을 재단에 출연시켜 완전히 공익재산으로 이관 처리하였음